El filial se llamó Atlético Amorós entre 1994 y 2000 por la vinculación que tuvieron las escuelas de fútbol base del Club durante esos años con el madrileño Colegio Hermanos Amorós y su equipo el CD Amorós. El filial del primer equipo de fútbol es el Club Atlético de Madrid B, fundado en 1963 como Reyfra Atlético Club y que actualmente juega en Segunda División B de España. Al margen de la selección absoluta, fue subcampeón de la Eurocopa Sub-21 en 1996, tras caer en los penaltis ante Italia, habiendo concluido el encuentro con empate a 1, siendo el gol de España conseguido por Raúl.
