Aunque al principio la oferta fue rechazada, el Rennais acordó traspasar a Čech al Chelsea en febrero por 7 millones de libras esterlinas. En mayo de 2003, el Rennais se encontraba en el fondo de la tabla de posiciones, aunque logró escaparse del descenso cuando derrotaron al Montpellier en la última jornada. Durante su primera temporada en Francia, Čech fue premiado por L’Équipe como el Jugador del Partido cuandó se enfrentó al Paris Saint-Germain.
