El 20 de febrero de 1907, el Athletic Club de Madrid se inscribió en el Registro de Asociaciones, obteniendo una personalidad jurídica propia y diferenciada de la del Athletic Club, por lo que dejó de ser una sucursal. Sin embargo, siguió existiendo vinculación deportiva con el «padre» bilbaíno, el cual continuó convocando a los jugadores del Athletic Club de Madrid para que disputaran bajo la enseña vizcaína el Campeonato de España (destacando el madrileño Manuel Garnica Serrano, goleador en la final del Campeonato de España de 1911 que se adjudicaría el Athletic Club); convocatorias que decaerían cuando en 1912 se originó la primera versión de la llamada «filosofía del Athletic Club», conforme a la cual sólo podían jugar allí jugadores vizcaínos.
